La mayoría de las especies de pingüinos acostumbran migrar, y de ellas, el pingüino emperador (Aptenodytes forsteri) tiene el viaje de migración más famoso. En general, las razones de los pingüinos están relacionadas con los cambios de temperaturas. Cuando los días se vuelven más cortos, las algas y el fitoplancton no pueden realizar la fotosíntesis de manera normal, y los organismos a los que sirven de alimento, como el krill, comienzan a escasear. Puesto que el krill es la comida básica de algunas especies de pingüinos, los adultos de estos tienen que desplazarse hacia regiones en donde los días aún sean largos para alimentarse en otras aguas costeras. Para otras especies, la necesidad de viajar resulta del hielo y la nieve que comienzan a cubrir tanto el agua como la tierra a niveles exagerados, lo que hace el hábitat antártico un lugar poco apto para sobrevivir al invierno, excepto para el pingüino emperador. Como el frío se vuelve insoportable y la comida escasea, los pingüinos no tienen más remedio que mover sus aletas y moverse hacia el norte. En el caso de Aptenodytes forsteri, la migración responde a su necesidad de acudir a las zonas de anidación en el sur, aquellos sitios que visitan año con año para aparearse y poner huevos. Cuando un pingüino joven ha adquirido la suficiente fuerza, se dispersa de su colonia natal y normalmente se aleja varios kilómetros, hasta que en la temporada de reproducción regresa al lugar donde nació para formar su propia familia.
El inicio y el final de la migración tienen lugar en tierra, menos para los pingüinos emperador, que viajan desde las zonas marinas hasta varios kilómetros tierra adentro. Se cree que el peso de los individuos juega un papel importante en la supervivencia; obviamente, mientras más sanos y gorditos están, sus probabilidades de llegar sanos y salvos al sitio de anidación o alimentación son mayores.
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